Untuk melaksanakan tugas dan fungsinya, Kepala Dinas Perhubungan dibantu oleh:

1. Sekretaris, terdiri dari :
   1. Kepala Sub Bagian Umum dan Kepegawaian
   2. Kepala Sub Bagian Keuangan
   3. Kepala Sub Bagian Program, Akuntabilitas dan Informasi Publik
2. Kepala Bidang Lalu Lintas, terdiri dari :
   1. Kepala Seksi Manajemen Lalu Lintas
   2. Kepala Seksi Rekayasa Lalu Lintas
   3. Kepala Seksi Keselamatan Lalu Lintas dan Angkutan Jalan
3. Kepala Bidang Angkutan Jalan, terdiri dari :
   1. Kepala Seksi Angkutan Orang Dalam Trayek
   2. Kepala Seksi Angkutan Orang Tidak Dalam Tyarek dan Angkutan Barang
   3. Kepala Seksi Terminal
4. Kepala Bidang Pelayaran, terdiri dari :
   1. Kepala Seksi Kepelabuhanan
   2. Kepala Seksi Badan Usaha dan Jasa Angkutan Pelayaran
   3. Kepala Seksi Angkutan Pelayaran Rakyat dan Angkutan Sungai, Danau dan Penyeberangan
5. Kepala Bidang Perkeretaapian dan Pengembangan :
   1. Kepala Seksi Perkeretaapian
   2. Kepala Seksi Lingkungan Perhubungan
   3. Kepala Seksi Pemaduan Moda dan Teknologi Perhubungan
6. Kepala Unit Pelaksana Teknis