Untuk melaksanakan tugas dan fungsinya, Kepala Dinas Perhubungan dibantu oleh:
- Sekretaris, terdiri dari :
- Kepala Sub Bagian Umum dan Kepegawaian
- Kepala Sub Bagian Keuangan
- Kepala Sub Bagian Program, Akuntabilitas dan Informasi Publik
- Kepala Bidang Lalu Lintas, terdiri dari :
- Kepala Seksi Manajemen Lalu Lintas
- Kepala Seksi Rekayasa Lalu Lintas
- Kepala Seksi Keselamatan Lalu Lintas dan Angkutan Jalan
- Kepala Bidang Angkutan Jalan, terdiri dari :
- Kepala Seksi Angkutan Orang Dalam Trayek
- Kepala Seksi Angkutan Orang Tidak Dalam Tyarek dan Angkutan Barang
- Kepala Seksi Terminal
- Kepala Bidang Pelayaran, terdiri dari :
- Kepala Seksi Kepelabuhanan
- Kepala Seksi Badan Usaha dan Jasa Angkutan Pelayaran
- Kepala Seksi Angkutan Pelayaran Rakyat dan Angkutan Sungai, Danau dan Penyeberangan
- Kepala Bidang Perkeretaapian dan Pengembangan :
- Kepala Seksi Perkeretaapian
- Kepala Seksi Lingkungan Perhubungan
- Kepala Seksi Pemaduan Moda dan Teknologi Perhubungan
- Kepala Unit Pelaksana Teknis